Minipool PCR

假設群體的總數是N,而健康率(陰性率)為p,若是我們以n人為一組的minipool PCR分析

則我們可以計算利用minipool PCR篩檢所需總次數的期望值:
在第一次篩檢之下,我們總共有\[\frac{N}{n}\]個小組 而每個小組陰性的條件,就是該小組的所有n人皆為健康的狀態,因此機率即為 \[p^n\] 反之每個pool出現陽性的機率即為 \[1-p^n\] 在做完第一階段的篩檢後,若是該pool為陰性的情形,即為該組所有人皆安全,反之若是出現陽性的pool則要針對每個人去作篩檢,找出帶原者,所以我們得再花費n次的篩檢量能 因此對整體的人作篩檢所需的期望值次數即為 \[\frac{N}{n}\left(p^n\times 1+\left(1-p^n\right)\times \left(1+n\right)\right)\] 若是利用傳統的篩檢方式即為針對每一個人去個別篩檢,則對總共N個人,所需的次數就是N 現在我們想要比較傳統的個別篩檢,以及透過mini pool pcr篩檢策略所提高的效率(efficiency),因此使用以下公式 \[\mathrm{E}\mathrm{fficency=}\frac{傳統PCR次數-MiniPoolPCR次數}{傳統PCR次數}\] 舉例來說 一般我們篩檢100個人就是需要花費100次,但是若是我們的策略可以只花40次,就可以篩檢完畢找出帶原者,則我們策略的效率直即為 \[\mathrm{E}\mathrm{ffiency=}\frac{\mathrm{100-40}}{\mathrm{100}}\mathrm{=60\%}\] 意即我們節省了60\%的篩檢資源,效率值越高代表我們節省了更多檢測資源。 在了解這樣的定義以後,我們把剛剛的代數結果帶到efficiency的公式當中 \[Effiency=\frac{N-\left(\frac{N}{n}\left(p^n\times 1+\left(1-p^n\right)\times \left(1+n\right)\right)\right)}{N}\] \[\ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ =\frac{N-\left(\frac{N}{n}\left(p^n+1+n-p^n-np^n\right)\right)}{N}\] \[=\frac{N-\left(\frac{N}{n}\left(1+n-np^n\right)\right)}{N}\ \ \ \ \ \ \ \ \] \[=\frac{N-\left(\frac{N}{n}+N-Np^n\right)}{N}\ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \] \[=\frac{Np^n-\frac{N}{n}}{N}\ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \] \[=p^n-\frac{1}{n}\mathrm{\ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ }\] 也就是說我們只要先隨機抽樣族群內部的感染率或是健康率p以後,我們就可以帶到這個公式找到提高效率的最好的小組人數n 為了得到更有sense的數值結果,我們可以用geogebra的數學軟體分析,首先我們先定義 \[\mathrm{f}\mathrm{(x)=}p^x-\frac{1}{x}\mathrm{\ \ }\] x為我們的小組人數 而p定義為0$\mathrm{\sim}$1 即為我們的健康率
那可以看到我們丟到f(x)以後,效率值有個最高點D=40%,表示節省了40趴的醫療資源,同時將f(x)微分取0得到E點即為我們的小組人數約為每組3.7人一組
可見我們的Minipool pcr確實是可以節省醫療資源的
現在我們把台北的狀況也帶入計算看看,假設6/3陽性率是4.4\%,也就是說健康率為95.6\%
由此可見在95.6\%的健康率之下,我們的小組可以取5.3人一組,而節省的檢測效率可以高達59\%。
此外,台北所提供的陽性率是利用快篩,會有偽陽性的狀況,實際上感染率可能更低,大約只有3\%
由此可見,我們取6人一組,可以節省高達67\%的醫療資源,這麼好的技術還不用嗎? 假設我要檢驗100萬人,現在我只需檢驗33萬次就好了! 省了將近3倍的篩檢量能呢!
Pool PCR 2.0
現在我們已經知道利用PCR可以大幅提高檢測的效率,但是很快就會發現,poolpcr只是用於低感染率的地方,舉例來說剛剛原本測試的poolpcr計算的都是低感染率(p$\mathrm{>}$0.9的情形)。若是感染率變得十分嚴重的狀況(p$\mathrm{\sim}$0.8)的情形又該怎麼辦呢?
因此利用同樣的原理我想出了double pool pcr策略,就是第一次的pool取更多人一組,若是檢測結果為陽性,再以第二次pool pcr檢測,若是仍呈陽性再分別檢測。也就是說第一次我先以n人為一組,若是呈現陽性我再將n人以m人一組分成n/m個小組分別檢測,若是呈陽性再將此小組的m人分別篩檢
也就是說在健康率為p的狀況下,對N個人做double pool pcr檢測,所需檢測次數的期望值即為 \[\frac{N}{n}\left(p^n\times 1+\left(1-p^n\right)\left(\ p^m\left(1+\frac{n}{m}\right)+\left(1-p^m\right)\left(1+\frac{n}{m}+m\right)\right)\right)\] \textit{帶回我們的Efficiency 公式} \[\mathrm{E}\mathrm{fficency=}\frac{傳統PCR次數-MiniPoolPCR次數}{傳統PCR次數}\] \[=\frac{N-\frac{N}{n}\left(p^n\times 1+\left(1-p^n\right)\left(\ p^m\left(1+\frac{n}{m}\right)+\left(1-p^m\right)\left(1+\frac{n}{m}+m\right)\right)\right)}{N}\] \[=1-\frac{1}{n}\left(p^n\times 1+\left(1-p^n\right)\left(\ p^m\left(1+\frac{n}{m}\right)+\left(1-p^m\right)\left(1+\frac{n}{m}+m\right)\right)\right)\] 那我們來計算這樣的效率可以提高多少,假設原本用pool pcr在p=0.8條件下Efficiency maxima 17\%,但是如果利用double pool pcr我們以n=20,m=4,我們可以得到效率值極大化的E=59\%
也就是說篩檢100萬人,傳統篩檢需要100萬次,而pool pcr需要83萬次,而double pool pcr 需要38萬次,仍然節省了將近三倍的醫療效能